It is a pity you did not come in whith us-после come правильно in?

Если оставить come in, то по сути получится "Жалко, что ты не вошел с нами", потому что come in - входить.

если убрать In, то предложение уже звучит адекватнее "Жаль, что ты не пошел с нами"