Почему в англичане/американцы иногда употребляют в речи время, которое по правилам грамматики не должно здесь употребляться? например:What did you do with my babies? - говорит носитель языка

Я бы поставила так:what have you done with my babies?

Оба времени обозначают действия, которые произошли в прошлом. заблуждение: Present Perfect иcпользуется, если действие произошло недавно, а Past Simple - если давно. Это не всегда так, потому что употребление того или иного времени определяется отношением говорящего к событиям. Past Simple (Действие не относится к настоящему моменту, Когда-то в прошлом, к настоящему отношения не имеет)

Present Perfect Действие (а точнее, его результат) относится к настоящему

(указатели just, already, yet, recently, lately) (действия относятся к прошлому, но связаны с настоящим.)