Почему в единственном числе в утвердительной форме пишется That is a flower, а во множественном числе Those are flowers?

Потому что that в переводе значит "тот", а those "те".

В единственном числе к that добавляется помощник is (по правилу), а к those добавляется are.

а относительно окончания - s в слове flower, то оно (окончание) добавляется при множественном числе.

That (это) is a flower, а во множественном числе Those (эти) are flowers.