Почему? Yesterday afternoon he came (почему не had came?) home, had (это же процесс в прошлом) dinner, read (процесс в прошлом) an article from

the latest magazine and began doing his home work.

Конечно здесь должно стоять"had". "had come" ставится, когда подчёркивается, что сдно действие совершилось раньше другого. А здесь идёт простое перечисление последовательных действий в прошлом (однородные члены предложения) - "пришёл, пообедал, почитал и начал делать дом. раб." Обыкновенное прошедшее время-Past Simple используется-came, had, read, began. Вот так.