Почему предложение, например: "Ты хороший водитель?" на английском будет "Are you a good driver?", а не "Do you a good driver?", если это Present Simple с правилом: Do/Does + подлежащее + глагол?

Потому что ответом на вопрос будет "Я - хороший водитель".

т. е. "I AM a good driver"

a good drive - не является глаголом

в предложении "Do you a good driver?" нет сказуемого, поэтому этот вариант вопроса неправильный.