В каких случаях ставится at, а в каких in the? Например, почему in the morning - at night, а не at morning и in the night? какие есть правила?

В английском языке если подразумевается что она в школе учится, а не просто в здании школы, то артикль не ставится. то же самое правило действует с такими словами, как university, prison, church, hospital.

Сравните:

I go to school every day. My mother went to the school for the parents' meeting.

В первом случае человек ходит каждый день в школу, потому что учится там. Во втором случае мама пришла просто в здание школы на родительское собрание.