What are the two things he is most grateful his parents for? - Зачем в конце предложения стоит "For"?

Сначала замечу, что у вас пропущен еще один предлог. Вопрос должен звучать так:

What are the two things he is most grateful to his parents for?

Выражение to be grateful (to somebody) for something - "быть благодарным (кому-либо) за что-либо" - всегда используется с предлогом for.

Теперь про предлог в конце вопроса. Дело в том, что в русском языке предлог и вопросительное слово стоят рядом ("с кем", "о чем", "за что"), а в английском они находятся в разных частях вопроса. Обычно предлог ставится в самый конец вопроса:

За что он благодарен?

What is he grateful for?

Примеры с другими предлогами:

What are you looking at? - На что ты смотришь?

Whom are you talking to? - С кем ты разговариваешь?