почему площадь бассейна реки как правило больше чем площадь занятая ее системой

Ответ прост!

Потому что система включает в себя только совокупность главной реки и её притоков, которые впадают в море/озеро/океан и т. д.

Бассейн же включает в себя те же самые притоки, реку, речушки и самое главное грунтовые воды.

Грунтовые воды - вот главная причина почему площадь бассейна реки как правило больше чем площадь занятая ее системой

Будут вопросы, пиши.

Удачи!