Будет ли происходить естественный отбор в однородной популяции, например, в популяции особей, вегетативно размножавшихся от одного растения?

Нет, естественный отбор происходить не будет, так как естественный отбор подразумевает, что особи имеют различные признаки, которые понижают или повышают шансы каждой отдельной особи выжить. Если популяция однородная, значит, все особи имеют одинаковые признаки, значит, все имеют одинаковые шансы выжить.