Нужно сравнить аквариум с естественным водоемом, что общего и какие различия у этих экосистем?

Думаю самое первое и не мало важное различие это то, что аквариум создан искусственно человеком, а водоёмы как замечено в вопросе создан естественным т. е. природным путём. И конечно же масштаб.