Причина генетического разнообразия популяций современного человека:

Скорее всего - это кроссинговер.

Кроссинговер - это процесс происходящий во время мейоза (1), в результате него происходит обмен идентичными участками хромосом. Это увеличивает генетическое разнообразие вида.

1 * в процессе мейоза образуются половые клетки с гаплойдным набором хромосом.