Чем можно объяснить тот факт, что некоторые бактерии имеют зелёную или пуппурную окраску, тогда как их большинство бесцветно?

Это объясняется наличием пигмента - бактериохлорофиллы, следовательно они относятся к фотосинтезирующим бактериям. (отличительная черта их фотосинтеза - донором водорода является сероводород, а у растений - вода.)

Только немногие бактерии имеют окраску, это обуславливается выделением окрашенного в-ва или пигментированием клеток!