Можно ли считать материальной точкой поезд движется из Барнаула в Бийск?

Смотря какую с. о (систему отсчета) мы выберем. Материальная точка - тело, в данных условиях размерами которого можно пренебречь.

Если мы сидим в поезде или рассматриваем его как внешние условия - то вряд ли. В остальном - думаю да, когда мы рассматриваем его путь, скорость и пр.