Почему г. Санкт-Петербург является самостаятельным субъектом РФ?

Это огромный мегаполис с развитой инфраструктурой, промышленностью, культурой и т. д., поэтому он вполне способен иметь особую форму организации местного самоуправления (муниципальные округа) и потому быть самостоятельным субъектом РФ.