Почему, например у элемента Sc (Скандий) в электронной конфигурации заполняется в конце 3d1_4s2, ведь на d подуровне у нас можно поселить 10 электронов, а мы селим только один и идем на 4s? Почему например не 3d3?

Это не совсем так.

Сначала заполняется уровень 4S (2) и на этом заканчивается основная группа, а после этого начинают заполняться d-орбитали c 3 уровня (существует 5 орбиталей, каждая из которых вмещает 2 электрона, 2 х5=10 электронов на d-уровне). Заполнение d-орбиталей начинается со скандия (№21) и заканчивается цинком (№30) - эти элементы образую переходную подгруппу.