Встречаются ли случаи когда понятия атомы и молекулы имеют одинаковые смысл приведите примеры

Встречаются.

Например, атомы всех инертных газов являются молекулами этих газов. как простых веществ.

То же относится к атомам элементов - металлов (Fe, Ag и проч.), но только в случае, если простое вещество. образованное таким элементом, находится в газообразном состоянии.