Почему мануфактуры не стали господствующей формой организации производства во второй половине 18 века?

Потому что пришел промышленный переворот, который зародился в Англии. Промышленный переворот-переход от ручного труда к машинному (т. е. от мануфактуры к фабрике). Причина промышленного переворота - Аграрная революция.