Почему, несмотря на отказ Гринёва перейти на сторону восставших, Пугачёв отпустил его?

Дело не только в этом. Но это больше всего подходит.

Пугачев отпустил его, так как был благодарен ему за заячий тулуп. Ведь Гринёв проявил доброту к обычному страннику, показавшему ему дорогу.