Как вы думаете может ли Софья со временем простить Молчалина?

Я считаю, что нет. Если бы Молчалин испытывал к Софье хоть какие-то нежные чувства, тогда еще может быть. Но он откровенно признается Лизаньке, что ухаживает за барыней потому, что, как бы мы сейчас сказали, это выгодно. Мне о многом сказала сцена, где Софья выгоняет Молчалина: он особо не старается оправдаться, и довольно быстро ретируется, когда ему это приказывают. Возможно, прав был Чацкий, говоря, что Софья не уважает Молчалина, а такое чувство отнюдь не помогает прощению.