Как понять выражение "дело ведь шло о душе"

Смотря, в каком контексте данная фраза употребляется. Если рассматривались положительные качества человека, то:

Это выражение означает, что обсуждалась душа человеческая, ее искренняя добродетель, нравственность, а не как не внешние данные.