Почему комедия недоросль заканчивается фразой "вот злонравия достойные плоды!"

Потому что зло было побеждено. Тоесть Скотинина и ее сын они были побеждены Скотинина лешилась богатства и от нее отвернулись все даже ее любимый Митрофан, а сам сын отправился в армию. Можно сделать вывод что зло было наказанно

Ну, злонравная Простокова, так воспитала своего сына, что он отрекся от нее, как только он лишилась власти в доме.