Почему буквы на клавиатуре идут не по алфавиту?

Только из-за рациональных соображений. Буквы на клавиатуре нужны для того, чтобы печать, поэтому часто используемые буквы находятся под самыми "сильными" пальцами: большим, указательным и средним, а редкоиспользуемые буквы под мизинцем и безымянным.