Ненастье приходит словосочетание?

Нет, это грамматическая основа, а проще - нераспространённое предложение.

Словосочетаниями не являются основы, т. е. если подлежащее и сказуемое вместе. Виды СС: сказуемое+дополнение, сказуемое+обстоятельство, подлежащее+определение

В твоем предложении: ненастье-подлежащее (сущ. в и. п.) + сказуемое (глагол)