Чем отличаются падежные окончания слов на ие ий от падежных оканчаний слов на ия

Существительные на - ИЯ, действительно, в родительном, дательном и предложном оканчиваются на - ИИ.

Существительные на - ИЙ, ИЕ в родительном и дательном имеют окончания, отличные от - ИИ (-ИЯ, - ИЮ), и только в предложном - ИИ.

Таким образом, просклоняем слово "окончание":

Им. п. окончанИЕ

Род. п. окончанИЯ

Дат. п. окончанИЮ

Пр. п. окончанИИ