есть ли в русском языке морфемы, написание которых нарушает главный принцип орфографии?

Да, есть. главный принцип - морфологический. Т. е. независимо от звучания, морфемы пишутся одинаково. Но некоторые морфемы все-таки изменяются при различных условиях. Думаю, сюда относятся все чередования в корнях слов: гор-гар, стел - стил, рос-раст-ращ и т. д., их много. (написание их зависит и от ударения, и от последней согласной корня, и от наличия суффикса "а" после корня и пр.) И чередования в приставках, которое зависит от дальнейшей глухой или звонкой согласной или от ударения: без-бес, раз-рас и т. д.