Какой падеж?

считать яблоки

Ответ: Винительный падеж.

Считать (что?) яблоки (В. п.)

Если у тебя возникают сомнения поставь на место неодушевленного существительного, одушевленное и тут же изменится вопрос. Например:

Считать (кого?) цыплят ...

Это вопрос Винительного падежа.

Ты же не можешь сказать: считать (кто?) ...

Винительный падеж.

Считать яблоки.

Считать (что?) яблоки.

Если бы был Им. п., то должно было быть "яблоки считают"