Выпишите цифры (просьба пояснить), обозначающие запятую между частями сложного предложения, связанными подчинительной связью:

Стрелять в него теперь, (1) когда он отдыхал, (2) не подозревая об опасности, (3) было бы преступлением ... Но Иван ведь жаждал этой встречи уже давно, (4) он должен выстрелить.

запятые 1,3 подходят.

1 - отделяет придаточную часть когда он отдыхал (придаточная времени) от главной части сложноподчиненного предложения Стрелять в него теперь было бы преступлением

3 - отделяет главную часть сложноподчиненного предложения (точнее родолжение главной части) было бы преступлением

запятые 2,4 не подходят, потому что

2 - отделяет обособленное обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом

4 - отделяет части сложносочиненного предложения (то есть связанные сочинительной, а не подчинительной связью)

кроме того, запятая 3 закрывает обособленное обстоятельство, то есть выполняет в предложении двойную функцию.

если что непонятно, я пару минут на связи)

(4) - Сложноподчиненное предложение: Но Иван ведь жаждал этой встречи уже давно, он должен выстрелить.

Главное предложение ... он должен выстрелить.

Второстепенное предложение: Но Иван ведь жаждал этой встречи уже давно ...

Союз "НО" подчинительный. Причины.