В одна тысяча девятьсот шестом году

Почему одна тысяча пишется здесь раздельно?

Потому что это составное числительное, составленное из нескольких слов: простых имён числительных (одна) и существительных (тысяча). В порядковых составных числительных грамматически оформляется (склоняется и изменяется по родам) только последнее слово - "шестом" в данном случае. Остальные слова в таких числительных не изменяются.