Почему некоторые имена существительные пишутся с прописной буквы в баснях?

Потому что они обозначают не существо, а общий образ существа определяющий все существа принадлежащие к этому имени. Это имя собственное существа, а оно пишется с большой буквы.

Однажды Лебедь, Рак да Щука

Везти с поклажей воз взялись

И вместе трое все в него впряглись;

Из кожи лезут вон, а возу все нет ходу!

Поклажа бы для них казалась и легка:

Да Лебедь рвется в облака,

Рак пятится назад, а Щука тянет в воду.

Кто виноват из них, кто прав - судить не нам;

Да только воз и ныне там.

И. А. Крылов фрагмент басни Лебедь, Рак и Щука.

В этом отрывке мы видим что Лебедь это не имя обозначение птицы, а собирательный образ с одноименным определением.