Был серый, неприятный день с холодным пасмурным небом. Объясни отсутствие запятой между второй парой определений.

Тут отсутствие запятой, так как "Серый" и "Неприятный" это однородные члены предложение, и между ними всегда стоит запятая. А "Холодным" это не однородный член предложения. Вот:

День-подлежащие,

Был-сказуемое,

Неприятный-определение, однород. член (день какой?-неприятный),

Небом-дополнение (день с чем?-с небом),

Пасмурным-определение, (небом каким?-пасмурным.)

Холодным ... И так далее.