Ситуация; Учащийся, явно демонстрируя свое плохое отношение к кому либо из товарищей по классу, говорит: "Я не хочу работать (учиться) вместе с ним". - как на это должен отреагировать учитель?

Учитель должен поговорить с учащимся, выяснить причину почему он так плохо относится к одному из товарищей.

Спокойно. Прежде всего спокойно. Чаще всего это случается только для того что бы продемонстрировать свою неприязнь перед другими. Разберитесь в чём причины. Может быть ребёнок сказал так из-за того что его обижают.