Объясните, почему в названии тематической группы иногда необходимо использовать не слово (дерево, цветы, животные, растения) а словосочетания?

Потому что, все перечисленные слова имеют очень растяжимое понятие. То есть делятся на группы. Животные делятся на две группы домашние и дикие, цветы - сорняки, комнатные, дикие и т. д.