разобрать по составу слово вагоны и бабочка

Вагоны-Вагон-корень, ы - окончание. И основа все кроме окончания.

Бабочка-Бабоч-корень, к-суффикс, а-окончание. И основа все кроме окончания.

вагон - (корень) ы - (окончание) баб - (корень) очк - (суффикс) а - (окончание)

вагоны-от слова вагон и поэтому корень вагон! я знаю лучше тебя

чтобы найти корень нужно посмотреть от какого слова оно образовано, в начем случаи вагоны образован от слова вагон!