Почему связи между остатками фосфорной кислоты в АТФ обозначены волнистой линией, а не обычной валентной чертой?

Потому что между ними не обычная связь, а так называемая макроэргическая - она не прочная и когда она разрывается при этом выделяется гораздо больше энергии (примерно в 3-4 раза), чем при разрыве других видов связей.